Transformada em distrito de Santos em 1944, por decreto do governador Adhemar de Barros, Bertioga poderia ter se emancipado em 1946, quando houve o primeiro movimento pró-emancipação. Em 1958, o Tribunal Regional Eleitoral (TRE) marcou o plebiscito para o dia 7 de dezembro do mesmo ano, quando 256 eleitores da Cidade participaram da votação. Na ocasião, 163 votaram pelo não e apenas 56 eleitores disseram sim, pela emancipação.
A ideia de se desmembrar de Santos ganhou força a partir de 1979, quando um grupo lançou o jornal Notícias de Bertioga’ e, seis anos depois, fundaria a Associação Pró Autonomia e Emancipação de Bertioga. O caminho era longo, já que uma lei estadual exigia a comprovação de arrecadação que inviabilizava aos municípios provarem que podiam ser independentes.
A criação da Frente Distrital Paulista de Emancipação, em 1987, no entanto, pavimentou o caminho da independência. Depois que a Frente conseguiu, em Brasília, a mudança na Legislação, vetada posteriormente pelo presidente da República, foi apresentado um parecer como sugestão para a Constituição Federal de 1988, sugerindo que a emancipação passasse a ser tratada pelo Estado.
A consequência do avanço conquistado na Capital Federal veio em 29 de julho de 1989, quando o Diário Oficial do Estado publicou a Emenda 233 ao Projeto de Constituição, proposta pela Frente. Com base na Constituição, a emancipação dos distritos deveria seguir trâmites legais estabelecidos por Legislação Estadual. Também em 1989, a Prefeitura de Santos conseguiu, através de mandado de segurança, impedir a realização de mais um plebiscito em Bertioga.
Enfim, a emancipação
Apesar da resistência santista, o Tribunal Regional Eleitoral marcou nova data para a realização do plebiscito, que aconteceu no dia 19 de maio de 1991. À época, 3.925 eleitores compareceram às urnas em Bertioga e 3.698 foram favoráveis à independência. Apenas 179 disseram não. Houve ainda 21 votos em branco e 27 nulos. Em 1992, foram realizadas as primeiras eleições da Cidade, elegendo o primeiro prefeito, Mauro Orlandini, que já era o administrador do então distrito.