A Delegacia de Polícia Federal (PF) em Santos atua em operações e investigações de crimes e infrações, repressão ao tráfico de drogas e armas. A unidade é considerada uma das mais relevantes e estratégicas do órgão, sendo atuante do Litoral Sul (até o Vale do Ribeira) ao Litoral Norte (até Bertioga). Ela também atua no Porto de Santos, o principal do País.
Sua finalidade é ser o agente fiscal em prol da União e empresas públicas, como é o caso da Companhia Docas do Estado de São Paulo (a Autoridade Portuária de Santos), pois a delegacia está subordinada ao Ministério da Justiça e Segurança Pública.
Além de investigar crimes ou infrações que causem prejuízo ao Governo, a unidade conta com as ações do Núcleo Especial de Polícia Marítima, que faz o patrulhamento marítimo. O trabalho tem caráter ostensivo e busca evitar o cometimento de atos ilícitos na região portuária.
As provas colhidas pela Polícia Federal são utilizadas nos processos da Justiça Federal. Uma das operações que contou com a participação operacional dos profissionais da Delegacia de Polícia Federal em Santos foi a Tritão, em 2018, responsável por apurar fraudes em contratos da Codesp.
A Delegacia de Polícia Federal em Santos fica na Rua Riachuelo, 27, Centro, e atende de segunda a sexta-feira das 8 às 18 horas. A PF também conta com o Posto de Emissão de Passaportes, no Shopping Miramar (Rua Euclides da Cunha, 21, Gonzaga). O atendimento é de segunda a sexta-feira das 10 às 18 horas.
Além dos portos, a Polícia Federal está localizada em aeroportos e áreas de fronteiras brasileiras e pode ser encontrada como delegacia, superintendência ou posto avançado.