O Porto de Santos, o principal do país e da América do Sul, é administrado pela Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp), sua autoridade portuária. A Codesp é uma empresa pública vinculada ao Ministério da Infraestrutura, por meio da Secretaria Nacional de Portos e Transportes Aquaviários.
Entre suas funções, a Codesp tem o papel de fiscalizar os terminais que atuam no Porto, autorizar a atracação de embarcações e a movimentação de cargas, suspender operações que prejudiquem o funcionamento do complexo, organizar a guarda portuária, promover obras e serviços em sua infraestrutura de proteção e de acesso aquaviário, elaborar editais e processos licitatórios.
Na administração do cais santista, atuam ainda dois órgãos que reúnem tanto representantes do Governo Federal como da comunidade portuária. São eles o Conselho de Autoridade Portuária (CAP) e o Conselho de Administração (Consad) da Codesp.
O Consad é o órgão, dentro da Docas, de deliberação estratégica. Segundo o estatuto social da empresa, ele tem, entre outras competências, a de fixar a orientação geral dos negócios da companhia e deliberar sobre seu planejamento estratégico, além de disciplinar normas internas e eleger os membros da diretoria-executiva.
Atualmente, o presidente é Diogo Piloni, o secretário Nacional de Portos e Transportes Aquaviários.
O outro conselho que tem participação na gestão do Porto é o CAP, formado por autoridades do setor, regionais, estaduais e federais, usuários do complexo (exportadores e importadores), operadores e trabalhadores. As questões tratadas pelo conselho envolvem o desenvolvimento das atividades portuárias. O colegiado faz sugestões à Codesp, mas tais propostas são consultivas (podem ou não ser atendidas), não deliberativas (devem ser seguidas).